Jean-Claude Rousseau est né à Paris. Séjournant à New York dans les années 70, il y découvre le cinéma d’avant-garde en même temps que les films d’Ozu. De retour en France, il engage une pratique artistique et publie quelques textes sur l’œuvre de Robert Bresson qu’il relie à l’esthétique du peintre Jan Vermeer.
En 1980, il termine l’écriture d’un scénario, Le Concert champêtre*, et réalise en 1983 un premier film en super 8 : Jeune femme à sa fenêtre lisant une lettre. Viennent ensuite deux courts métrages : Venise n’existe pas (1984) et Keep in touch (1987)**. Les Antiquités de Rome (1989) est son premier long métrage. Là aussi Jean-claude Rousseau utilise le super 8 de façon inhabituelle : où l’on privilégie les plans courts, le cinéaste introduit la durée ; où la caméra est le plus souvent en mouvement, il choisit la fixité. Outre dans les festivals, son travail est alors présenté au Centre Georges Pompidou, à New York University, à la Cinémathèque royale de Belgique, ainsi qu’au Fresnoy. Pour accompagner la projection d’une nouvelle copie de leur film Othon, Jean-Marie Straub et Danièle Huillet demandent à la Cinémathèque française de montrer La Vallée close. C’est grâce à leur soutien que ce deuxième long métrage a pu être transféré en 16 mm. Il est sélectionné par le festival de Locarno en 1997 et obtient le Grand Prix du Documentaire au Festival de Belfort en 1999.
La sortie commune des Antiquités de Rome et de La Vallée close a lieu au Studio des Ursulines à Paris en septembre 2000. L’année suivante un hommage lui est rendu à la Mostra de Venise, avec une programmation complète de ses films. En 2002, Jean-claude Rousseau est à Genève pour une rétrospective à I’ESBA accompagnée d’une carte blanche où il choisit de montrer Ouvriers, Paysans de Jean-Marie Straub et Danièle Huillet et My husler d’Andy Warhol. La même année il présente sa première réalisation en vidéo numérique, Lettre à Roberto, au Festival international du documentaire de Marseille et au Festival de Locarno.
Il interviendra ensuite à Lussas dans le cadre des Etats Généraux du Film Documentaire où sont projetés Keep in touch et Les Antiquités de Rome. En 2003, un programme de ses courts métrages a lieu au Festival Némo à Paris et à la Biennale de Lisbonne, tandis qu’une rétrospective lui est consacrée au festival de Jeon Ju en Corée. C’est là qu’il réalise Juste avant l’orage***. Ce dernier film sera présenté à Marseille et à Locarno, puis aux festivals de Turin et de Rotterdam. A l’automne de la même année, le Musée d’Art moderne et contemporain de Strasbourg l’accueille pour une programmation de l’ensemble de son travail.
En 2004, Jean-claude Rousseau est de retour au festival de Jeon Ju pour y montrer Juste avant l ’orage et présenter deux nouveaux films, Faibles amusements et Contretemps, qui seront vus ensuite aux festivals de Locarno et de Turin, ainsi qu’à la Viennale et au festival du documentaire de Marseille. L’année s’achève avec un programme de ses films réalisés en vidéo numérique à l’Institut franco-japonais de Tokyo.
Au printemps 2005, le festival Côté Court de Pantin l’accueille pour une rétrospective accompagnée d’un nouveau film intitulé Non rendu. Il achève ensuite Comme une ombre légère, composant, avec Faibles amusements et Contretemps, un triptyque sous le titre Trois fois rien. Réalisé la même année, Une vue sur l’autre rive complète en janvier 2006 un programme de ses films proposé par Les cahiers du cinéma au festival Premiers plans d’Angers. C’est l’occasion d’un autre court métrage qu’il intitule Faux départ. Il préside, en juillet, le jury de la compétition française au festival du documentaire de Marseille et y montre un nouveau film : La nuit sans étoiles.
L’année suivante, De son appartement reçoit, à Marseille, le grand prix de la compétition internationale. A l’automne 2007, Jean-Claude Rousseau est à Rome pour une rétrospective intégrale à la Villa Medicis et à la Cineteca Nazionale.

*Le Concert Champêtre est paru aux éditions Paris Expérimental (2001).
** Keep ln touch, transféré en 16 mm. en 2000, a obtenu le grand Prix du court métrage au Festival international du film de Belfort (2001).
*** Juste avant l’orage a obtenu le Grand Prix Expérimental-Essai-Artvidéo au Festival Coté court de Pantin (2004).